东汉初年对府机构与职能进行调整的核心是维系专制主义的皇权，通过加强尚书台的权力和强化监察机构，完成了中央政府的重建和调整工作，通过固定州刺 史治所和废除郡国都尉，完成了地方政府的建制。

(一)虽置三公，事归台阁。刘秀削弱三公的权力，加强尚书台的权力，这是他的重要集权措施之一。东汉初年，中央最高的官职是三公，就是司徒、司空和太尉。三公的职位虽高，徒有虚名，并无实权。东汉初年，正式成立尚书台，作为总理国家政务的中枢机构。尚书台设尚书令一人。在东汉，尚书台实际上成了皇帝真正决策和发号施令的权力机构，三公和九卿只是受命办事，形成“虽置三公，事归台阁。三公之职，备员而已”的局面。

（二）二监察制度。为了实行对政府官员行政的有效监督，刘秀在继承秦、西汉监察制的基础上，组建了从中央到地方的监察机构，包括御史中丞、司隶校尉和州刺史。司隶校尉兼领一州，又为中央要职，有监察公卿的权力，再加上中央总监察机构御史台、地方的州刺史，就形成从中央到地方完整的强有力的监察系统，大大地稳固了东汉前期的皇权。

（三）地方行政机构。西汉时刺史无固定治所，刘秀改革使刺史有固定治所，实际上成为比郡高一级的行政长官，可以处理地方政务，不通过三公，可直接上奏皇帝，这就将地方行政管理直接置于皇帝的控制之下，并逐渐形成州、郡、县三级管理制度。

（四）废除郡国都尉。东汉王朝建立之初，仍沿袭西汉制度，每郡置都尉一人，负责地方部队和治安。为了防止地方官员发动武装叛乱，刘秀在建武六年（30年）下诏 罢郡国都尉官，取消地方专门统帅军队的武官，将军权归并于守相，同时取消每年一度的“都试”之制。刘秀所罢都尉仅限于内郡，边郡因多事仍置都尉，以佐太守，分部领兵。其后内地有紧急军情，亦往往复置都尉。郡都尉的废除是东汉地方行政制度的重大变化，虽然减少了地方官员拥兵自重的隐患，有利于中央集权，但在整体上却削弱了国家的军事力量。