（ 1 ） 由材料可知该公司的冲突包括以下几方面：
①中日双方管理制度和文化冲突。 如在材料中提到的， 在日本， 加班加点不仅司空见惯， 而且没有报酬， 因此公司合资后引进了日本企业的这种做法， 经常让中国员工长时间加班， 引起了大家的不满， 一些优秀员工还因此离开了亚通公司， 这体现了存在于合资企业管理中的制度和文化冲突，适合日本企业和日本员工的先进管理做法未必适合中国企业和中国员工。
②部门之间协调的冲突。 由于公司采取的是直线职能制的组织结构， 各个部门之间又缺乏充分的沟通， 各自为政， 缺乏全局意识， 工作中相互掣肘。
③员工利益引起的冲突。 如研发部吴经理虽然技术水平首屈一指， 但是心胸狭窄， 总怕他人超越自己， 因此常常压制其他工程师。 这使得工程部人心涣散， 士气低落等等。
（ 2 ） 该公司冲突产生的原因分别为以下几点：
①沟通的差异。 由于文化和历史背景的不同造成中日双方对于加班薪酬的意见的不一致； 并且对日本先进的管理做法过度迷信， 没有顾及中国文化和员工的心理。
②结构差异。 公司的组织结构是直线职能制， 由于信息不对称和利益不一致， 人们之间在计划目标、 实施方法、 绩效评价、 资源分配、 劳动报酬、 奖惩等许多问题上都会产生不同看法。
③缺乏统一的企业文化。 各部门之间没有统一的大局意识和相互协作精神， 由此可见该企业缺乏良好积极的企业文化环境。
④个体差异。 每个人的社会背景、 教育程度、 阅历、 修养， 塑造了每个人各不相同的性格、 价值观和作风。 人们之间这种个体差异造成的合作和沟通的困难往往也容易导致某些冲突的发生。 由于公司中一些个人的个人品质问题， 会直接影响到其他员工工作的积极性和对公司的信心。
（ 3 ） 根据该公司情况， 可从以下几个方面处理冲突：
①通过有效沟通， 使该企业加班薪酬化， 消除员工不满情绪， 留住优秀员工， 使企业获得更高的效益。 就加班事宜对员工做出合理的解释， 加班应是自愿行为， 要么停止加班， 要么给予员工合理、 合法的加班费用， 并与员工达成协议。
②根据公司运营特点， 更改组织结构， 使各部门有效合作。
③有意识地鼓励、 支持、 任用和晋升持不同意见的人， 使工作更透明化， 避免个别打压现象。 公司首先要做的是对吴经理开展充分的沟通， 并进行适当的批评教育。 让受到压制的员工感受到公正与公平， 重塑公司在员工心中的形象。
④不断建立积极向上的企业文化。 促使各部门团结一致， 培养各部门和员工之间相互协作， 相互尊重的精神和氛围。