【正确答案】 A

【答案解析】 根据《宪法》第62条第3项的规定，全国人民代表大会行使制定和修改刑事、民事、国家机构的和其他的基本法律的职权，因为特别行政区基本法是基本法律，制定机关是全国人民代表大会，因此由全国人民代表大会行使该法的制定权和修改权。本题选A项。