【正确答案】 B

【答案解析】本题考查的关系表面上是哲学上的物质与自然科学上的物质间的关系，实质上考查的是哲学与自然等具体科学的关系。

在人类的知识体系中，哲学是一切自然、社会以及精神世界的普遍规律，属于科学的科学。所以，哲学与所有的具体科学之间的关系属于一般和个别、普遍和特殊的关系，因此自然科学也不例外，故本题应该选择B。

选项A的本原与派生的关系是第一性还是第二性的问题，马哲中只有物质和意识才具备这种关系，本题显然不是这种关系；选项C和D所指的关系都属于内与外、里与表的范畴，而哲学和自然科学在人类知识体系中处于上下级的层次关系，并不处于同一层级。所以选项A、C和D所讲的关联都不正确，不予考虑。