【正确答案】 A

【答案解析】 甲公司明知国家禁止将生产废料直接倒入河中，仍然将其倒入河中，其行为属于违反国家规定，排放和倾倒有毒物质的行为，构成污染环境罪。甲公司的排放行为不是在生产、作业中发生的重大责任事故，所以选项B错误。甲公司并不是恶意投毒或者恶意危害公共安全，所以其行为不构成投放危险物质罪和以危险方法危害公共安全罪。选项C、D错误。