线粒体的组分包括内膜、外膜、膜间隙和线粒体基质，分离步骤如下：
（1）先将线粒体置于低渗溶液中，线粒体吸水，由于线粒体外膜通透性较好而内膜通透性很差，吸收的水聚集在内膜和外膜之间的间隙中，外膜胀破，通过离心可以将外膜、膜间隙成分和线粒体内膜包裹着的线粒体基质分开，上清为膜间隙成分，较轻的组分力外膜，最重的组分为内膜包裹着的线粒体基质。
（2）使用去垢剂破坏内膜结构，内膜裂解为小的内膜小泡，线粒体基质从中释放，离心后，沉淀部分为内膜小泡，上清液为线粒体基质的组分。