中远公司应当根据B公司按照公允价值和内部顺流、逆流交易调整后的净利润确认投资收益，选项A、B属于内部交易；选项C，投资时被投资企业自有资产账面价值与公允价值之间有差异，应对B公司的净利润按照公允价值进行调整。