【正确答案】饮料公司与乡镇企业所签注册商标转让协议无效；工商部门可责令二者限期改正或者撤销其注册商标。
   (1) 按照《商标法》第39条的规定：“转让注册商标的，转让人和受让人应共同向商标局提出申请。转让注册商标经核准后，予以公告。受让人自公告之日起享有商标专用权。”本案中，二者没有向商标局提出申请，属自行转让注册商标，因此法律不给予保护，所签协议无效。
   (2) 《商标法》第44条规定使用注册商标：“有下列行为之一的，由商标局责令限期改正或者撤销其注册商标：(一)自行改变注册商标的；(二)自行改变注册商标的注册人名义、地址或者其他注册事项的；(三)自行转让注册商标的；(四)连续三年停止使用的。”工商部门可依据此规定，责令二者限期改正或者撤销其注册商标。