V型H^＋-ATP酶相当于一个倒过来开的ATP合酶，通过水解ATP，将H^＋逆浓度梯度从细胞质基质转运入细胞器内，维持细胞质基质中性，而细胞器内呈酸性，属于液泡ATP酶，植物和真菌用来酸化液泡或向线粒体、叶绿体输入H^＋，真核生物均用其酸化溶酶体。