【正确答案】本案存在的程序性问题及理由具体如下：
（1）中级人民法院适用简易程序进行审理的做法违法。
简易程序是一审程序的简化程序，第二审程序不能适用简易程序审理。故尽管中级人民法院认为一审法院对该案认定事实清楚、证据确实、充分，在第二审程序中也不能适用简易程序进行审理。
（2）中级人民法院改判被告人张某有期徒刑6年的做法违法。
《刑事诉讼法》规定：“第二审人民法院审理被告人或者他的法定代理人、辩护人、近亲属上诉的案件，不得加重被告人的刑罚。”，本案属于被告人提起上诉的案件，中级人民法院不得加重上诉人的刑罚，二审法院将一审法院对张某判处的有期徒刑5年改判为6年，属于加重了上诉人的刑罚，此做法违法。
（3）中级人民法院在剩余刑期为5年零6个月的情况下，将张某交由看守所代为执行的做法违法。
根据《刑事诉讼法》的规定，对被判处有期徒刑的罪犯，在被交付执行刑罚前，剩余刑期在3个月以下的，由看守所代为执行。故本案中级人民法院在剩余刑期为5年零6个月的情况下就交由看守所代为执行的做法违法。