根据《城乡规划法》第六十五条规定，该工程未取得建设用地规划许可证和建设工程规划许可证，所以该工程为违法建设。

该工程侵占了文物保护用地，违反了规划法和文物保护法，严重影响城市规划和文物保护，性质十分严重。

按照《城乡规划法》的规定，应对投资者处以罚款，并责成投资者立即拆除违法建筑，恢复地形地貌；同时，建议园林绿化队的上级主管部门追究绿化队的有关责任人的行政责任并给予处分，没收绿化队所收租金，上交国库。

[解析] 例题的第一句话“某市的市区南部有一段古城墙，为省级文物保护单位，并在古城墙内外两侧各划定了100m的保护区，只准绿化，不许建设，由园林绿化队负责管理”，说明了文物保护单位的级别为省级，管理单位是园林绿化队，并且强调文物保护范围内只准绿化，不许建设。我们知道，按照文物法的有关规定，文物保护范围内是不允许建设的，例题再三强调这一点，其目的暗示考生，如果在文物的保护范围内进行建设，应进行拆除，并且应由该文物保护范围的管理单位承担责任。

例题的第二句话“有一投资者看中了这块风水宝地，与绿化队签订了协议，投资者每年支付给绿化队100万元租金，绿化队同意投资者在距古城墙50m处建设了5栋2层青瓦灰砖的别墅”，说明了绿化队通过收取租金，违法了文物法的规定同意在文物保护范围内建设别墅。

例题的第三句话“投资者刚开始施工，即被该市城乡规划行政主管部门规划监督执法队发现，责令立即停工”，说明了工程已经开工，构成了违法建设，并受到城市规划行政主管部门的处理。

例题的第四句话“试分析：这个工程的性质?为什么?应该如何处理?”，说明例题要求回答的内容有三个，第一要回答工程的性质是违法建设，第二要说明判断违法建设性质的法律依据，第三要说明具体行政处罚的决定和依据。

下面，将审题的结果整理如下：

①建设位置：省级文物保护单位的保护区。

②批准单位：园林绿化队。

③建设内容：5栋2层别墅。

④工程进度：刚开工。

⑤查处单位：城乡规划行政主管部门规划监督执法队。

⑥问题：确定性质，说明理由，提出处理意见。