【正确答案】 D

【答案解析】生命系统的层次有：细胞，组织，器官，系统，个体，种群，群落，生态系统，生物圈。题干中“一段朽木上面长满了苔藓、地衣，朽木凹处聚积的雨水中还生活着孑孓、水蚤等，树洞中还有老鼠、蜘蛛等”，关键字是“一段朽木”，意味着包括无机环境和生物，所以符合生态系统的概念。A选项中“全部害虫”属于多个种群；B选项中“全部鲤鱼”属于一个种群；C选项中“一片松林中的全部生物”属于群落；D选项中温室大棚是一个生态系统，故选D。