本题考查时事政治。

A项错误，经国务院批准，自2016年5月1日起，增值税一般纳税人取得的不动产和不动产在建工程，其进项税额分2年从销项税额中抵扣。故尚未将不动产纳入抵扣范围的说法错误。

B项错误，营改增后营业税退出历史舞台，但增值税彻底取消的说法错误。

C项错误，营改增后企业的税负有所降低，并不会大幅增加财政收入。

D项正确，增值税只对产品或者服务的增值部分纳税，减少了重复纳税的环节，故从制度上基本消除了重复征税。

故正确答案为D。