(1)根据《企业内部控制应用指引第1号——组织架构》,在“三重一大”问题上应当按照规定的权限和程序实行集体决策或者联签制度。任何个人不得单独进行决策或者擅自改变集体意见。根据案例给定信息,董事长一人对此重大决策进行拍板,违反了应用指引规定。企业应该按照要求实行集体决策。
(2)根据《企业内部控制应用指引第11号——工程项目》,企业的工程项目一般应当采用公开招标的方式,而不是直接指定。
(3)根据《企业内部控制应用指引第16号——合同管理》,对于影响重大、涉及较高专业技术或法律关系复杂的合同,应当组织法律、技术、财会等专业人员或聘用外部专家参与谈判;而甲公司则仅依靠自己力量,并且未能进行有效合同技术部分的审查。在起草合同商务部分条款时,考虑不周,未能对等安排双方各自的权利。