【正确答案】 D

【答案解析】解析：选项A：房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除；选项B；房地产开发企业直接转让土地使用权的，应进行土地增值税清算；选项C：在土地增值税清算中，计算扣除项目金额时，其实际发生的支出应当取得但未取得合法凭据的不得扣除。