【正确答案】 C

【答案解析】 根据《标准施工招标文件》，专用条款可以对通用条款进行补充、细化，但补充和细化的内容不得与通用条款内容相抵触，即专用条款不能对通用条款进行修改，选项A错误；通用条款(而非专用条款)可同时适用于单价合同和总价合同，选项B错误；合同协议书是解释顺序最高的合同文件，其次为中标通知书、投标函等，选项C正确；施工组织设计文件的编制应为承包人的工作职责，选项D错误，故选C。