矩阵制组织结构的优点：

(1)机动性强。矩阵制组织以项目的形式组成，成员从不同的部门抽调，具有很好的机动性，随着项目的开发与结束进行项目组的组合和解散。(2)目标明确、人员结构合理。矩阵制组织的目标十分明确、具体，各项目组有着特定的攻关任务，人员来自与任务相关的部门，结构合理。(3)通过异质组合实现创新。矩阵制组织的人员从各职能部门抽调而来，有着不同的专长，成员荣誉感强，工作热情高，目标一致，不同部门的员工在一起有利于相互启发，集思广益，思维的碰撞有利于创新。(4)沟通顺畅。矩阵制组织是对统一指挥原则的一种突破，由于成员同时拥有两名上司，且纵向与横向的联系形成了网络状的信息传递通道，组织内部的沟通更加顺畅。

矩阵制组织结构的缺点：

(1)稳定性差。由于矩阵制组织的成员来自不同的部门，被抽调后势必影响原部门的工作，当项目任务完成后，成员回到原有部门时的岗位安排容易出现问题，影响组织的稳定性。(2)多头指挥。矩阵制组织的网状结构固然能够缩短沟通路径，但由于每一名成员都要接受项目组和职能部门的领导，如果上级领导不能进行充分的沟通和协调，容易出现多头指挥的局面，不仅让下属无所适从，而且会影响目标的实现。(3)权责不对等。为了保持组织的机动性，项目组负责人同样属于临时抽调，任务完成之后回到原部门工作，其责任大于权力，在一定程度上会对负责人的积极性造成消极影响。