习近平指出,两岸长期存在的政治分歧问题是影响两岸关系行稳致远的总根子,选项A符合题意。双向“三通”问题已经得到了解决,两岸经贸关系密切,文化交流频繁,即使偶尔有波动,也是因为受到了政治分歧的影响,因此,选项BCD可排除。本题正确答案为A项。