【答案解析】(1)M企业受托加工应税消费品，以实际收回的数量作为课税数量，代收代缴消费税。其计税依据首先应选择M企业自行生产同类卷烟的售价，无同类售价时用组成计税价格计算代收代缴的消费税。
   (2)烟草集团公司，持有烟草批发许可证，其销售卷烟属于卷烟的批发环节，由于N企业同样也是批发企业，批发企业之间销售卷烟，不缴纳批发环节的消费税。
   委托方将委托加工收回的应税消费品以高于受托方的计税价格出售的，不属于直接出售，需按照规定申报缴纳消费税，在计税时准予扣除受托方已代收代缴的消费税，加价销售对委托加工环节的从量税部分无影响，应补缴从价税部分的消费税。
   (3)Y专卖店属于烟草零售商，烟草集团公司将卷烟销售给Y专卖店，首先应按批发环节缴纳11%的消费税比例税率，并加收0.005元/支的从量税。
   同时考虑将委托加工收回卷烟加价销售所要补征的从价部分的消费税。