我国现行的税收制度框架体系是经过1994年税制改革后确立的，经过十几年的不断改革和调整，税制结构不断完善，与社会主义市场经济发展的客观要求逐步适应。但是仍然存在一些问题，需要通过深化税制改革来进一步完善。
（1）中国现行税制的主要缺陷
①税种结构不合理
a.主体税种结构失衡
1994年的税制改革确立了我国建立流转税与所得税并重的双主体税制结构模式的指导思想。我国主体税种结构的失衡，主要是所得税收入过低，与其主体税种地位不相称。在所得税当中，个人所得税过于弱小，个人所得税征收制度不合理，改革明显滞后，各税种之间缺乏必要的协调机制。
b.辅助税种的设置不科学
我国目前税制结构中辅助税种设置不合理主要表现在两个方面：一方面，某些领域的税种缺位与我国当前经济发展的现状极不适应；另一方面，某些税种名不副实，或者设置重复。
c.中央与地方税制结构不合理
我国目前中央与地方税制结构不合理主要表现在两个方面：一方面，地方税缺乏独立的主体税种，不利于建立地方税体系和保证地方税收入的稳定增长，影响了地方政府职能的实现。另一方面，地方政府缺乏必要的税权，税权基本统一于中央，地方无权开征新税种或对现行地方税种进行适合本地情况的必要调整，不利于地方政府利用税收因地制宜地进行适合本地情况的中观经济调控。
②主要税种存在问题
a.个人所得税制不合理，不利于调节收入差距
我国目前实行分类所得税制模式，费用扣除标准不合理，税率模式复杂繁琐，最高边际税率过高，无法充分体现税收公平原则。
b.消费税制度的调整力度不够，对热点消费的支持不够
对生活必需品征税存在“越位”现象，对奢侈品征税存在“缺位”现象，不能很好地引导消费、调节收入分配。实行价内税，税负隐蔽，透明度不高。
c.资源税制度问题突出，不利于促进资源的合理利用
我国仅对矿产资源和盐征收，征收范围过窄；税率过低导致资源市场价格过低，不利于转变经济发展方式；“从量计征”，使得其不受价格变动影响，无法体现有效利用和保护资源的效果。
d.社会保障税尚未开征，使得社会保障资金缺少稳定性的来源
目前我国主要通过收费来筹集相关资金，随意性较强，缺乏法律保障和有效的监督机制。
③税负结构不合理
与其他大多数国家实行消费型增值税相比，我国现行增值税的税负设计明显偏高，实际的调控作用倾向于一般收入者，不利于税收公平。
④税收立宪方面的欠缺
目前我国宪法中只有第56条对税法进行了规定，这很难确定我国已经进行了税收立宪。
⑤环保设计方面不足
现阶段我国对环境侵害的补偿、调节污染者的行为、筹集防污资金等主要通过排污收费来实现。相关调控税收没有很好地完善和制定。
（2）中国现行税制的改革思路
针对上述问题，我国现行税制改革思路如下：
①科学选择主体税种和辅助税种，完善中央与地方的税制结构
a．我国主体税种的选择应继续坚持流转税（主要是增值税）和所得税并重的双主体税制结构，适当加大所得税在整体税收中的比重。
b.应根据现实税收环境的变化，对现行税制中的辅助税种进行适当的调整与完善，使其符合社会经济发展的需要。
c．在保证中央税权的情况下，适当加大地方税权，从而形成完善的地方税体系，保证地方各级政府都有稳定的收入来源。
②优化主要税种的内部结构，改革个人所得税，完善消费税。同时建立健全其他税种，改革资源税、尽早开征环境保护税和社会保障税。
③建立健全各项税收立法，使税收征管有法可依。按照《立法法》的规定，积极构建以税收法律为主、税收行政法规为辅的税收法律体系，并进一步完善税收授权立法制度，对税收授权立法从实体到程序加以明确规定。