A：配偶是主要近亲属，其拥有的直接经济利益严重影响甲的独立性；B：财务信息系统与财务报表审计密切相关，对独立性产生严重影响；C：丙作为项目合伙人无法回避其妹妹的工作；D：母亲是主要近亲属，但其作为后勤部门职工的工作与财务报表审计没有关系，不对独立性产生不利影响。