火车是一种交通工具，两者是种属关系。A项，火星是宇宙的一部分，二者为部分与整体的关系；B项，柚子是一种水果，二者为种属关系；C项，铅笔是一种文具，二者为属种关系；D项，沙漠和丘陵为并列关系。故选B。