对于注册会计师的独立性(选项C)、值得关注的内部控制缺陷(选项B)以及审计业务约定的事项(包括选项D中的业务收费等)均应当采用书面形式与治理层沟通。选项A中的涉及管理层的舞弊嫌疑(非舞弊事实)可以以口头形式与治理层沟通。