[解析] ①颤藻属于蓝藻，是原核生物；②酵母菌是一种真菌，属于真核生物；③草履虫是一种单细胞原生动物，属于真核生物；④黑藻是蕨类植物，属于真核生物；⑤水绵是多细胞藻类植物，属于真核生物；⑥大肠杆菌是细菌，属于原核生物；故选D。