两汉经学有今文经学和古文经学之分。历经秦火战乱，汉初儒家经典大都无先秦旧本。今文经指汉初由儒生口传，并用当时流行的隶书记录下来的经籍。古文经指汉代前期从民间征集或孔子故宅壁间所发现的用先秦古籀文字写成的经籍。今文经学和古文经学的区别表现在：

（1）对待孔子态度不同

今文经学以董仲舒、何休等为代表，认为六经皆孔子所作，视孔子为托古改制的“素王”，注重阐发经文的“微言大义”，主张通经致用。最重《春秋公羊传》。而古文经学以刘歆、贾逵等为代表，崇奉周公，视孔子为“述而不作，信而好古”的先师。偏重训诂，与现实政治问题联系较弱。最重《周礼》。

（2）学习经典顺序不同

今、古文经学视经典的学习顺序的不同，源于两派对于孔子的定位不同。今文经学视孔子为教育家、思想家，所以将五经顺序定为《诗》《书》《礼》《易》《春秋》，由浅入深；古文经学视孔子为史学家，将五经顺序定为《易》《书》《诗》《礼》《春秋》，按时间顺序排列。

（3）发展状况不同

汉武帝所立五经博士皆为今文经学，今文经学长期垄断汉代官学。后今文经学逐渐陷入了僵化和烦琐，且又与谶纬结合，流于妄诞，西汉后期见衰。同时，古文经学却不断发展壮大，王莽当政时一度立学官，东汉后期逐成压倒今文经学之势。汉末，古文经学家马融、郑玄兼采今、古文之说，今、古文之争遂息。