临床观察和实验研究表明，细胞免疫尤其是 CD4⁺T淋巴细胞在控制隐孢子虫感染中起关键作用。免疫功能正常者感染隐孢子虫后，病程多自限，且病情轻。HIV感染者 CD4⁺T淋巴细胞>200/μl 时，隐孢子虫病呈自限性:而CD4⁺T淋巴细胞<100μl时，常变成慢性感染:当 CD4⁺T淋巴细胞<50μl时，则发生暴发性隐孢子虫病。