本题考查公文的文种，主要考察公文文种适用的具体情形。

A项错误，指示不属于法定的公文文种。

B项错误，通知适用于发布、传达要求下级机关执行和有关单位周知或者执行的事项，批转、转发公文。该选项不合题意。

C项正确，函用于不相隶属机关之间商洽工作、询问和答复问题、请求批准和答复审批事项。国家文物局与有关博物馆可能有业务指导关系，但不具有行政隶属关系，不相隶属机关之间商洽工作应当选用函这一文种。

D项错误，命令（令）适用于公布行政法规和规章、宣布施行重大强制性措施、批准授予和晋升衔级、嘉奖有关单位和人员。该选项不合题意。

故正确答案为C。