【正确答案】 D

【答案解析】[考点] 账户的登记规则和平行登记
[解析] “应付账款”账户的借方登记减少额，贷方登记增加额，期末余额在贷方。本期该企业又向B企业购入一批原材料，货款3000元，款未付，因此本期应付账款贷方增加3000元。在会计核算中对总账账户和明细账账户的记录是采用平行登记的方法进行的，总分类账户期末余额=所属明细分类账户期末余额合计。因此，B企业期末余额=B企业期初余额+本期增加发生额-本期减少发生额=(12000-5500)+3000=9500(元)，余额在贷方。故选D。