【正确答案】（1）位点计数 每个密码子都有3个核苷酸位点，分成同义和非同义两类。以密码子TTT（Phe）为例，由于3个密码子位置上每个核苷酸都可以转变为另外3种核苷酸，该密码子就有9个直接邻居：TTC（Phe），TTA（Leu），TTG（Leu），TCT（Ser），TAT（Tyr），TGT（Cys），CTT（Leu），ATT（Ile）和GTT（Val）。 其中，密码子TTC和密码子TTT编码同一个氨基酸。因此，对密码子TTT而言，就有个同义位点，个非同义位点（表1和表2）。在计数过程中，不计入变为终止密码子的突变。我们将该方法用于序列1中的所有密码子，并将计数结果相加以获得全序列中同义和非同义位点的总数。然后，对序列2重复该过程并计算两条序列间的平均位点数目，分别计为S和N，有，这里为序列中的密码子的数目。 （2）变异计数 第二步是对两条序列间的同义和非同义变异进行计数。换言之，在两条序列间所观测的差异可按同义和非同义划分。我们再按密码子逐一处理。很明显，如果两个所比较的密码子相同（如TTT对TTT），则同义和非同义变异数目为0；如果两个所比较的密码子间仅在一个位置上存在差异（如TTT对TTA），就很容易发现这种单一的变异是同义的还是非同义的。 TTT对TTC是同义的，CAC对CAA是非同义的（表3和表4）。 表1 密码子TTT（Phe）中的位点计数 目标密码子突变类型置换率（K=1） TTC（Phe） TTA（Leu） TTG（Leu）同义 非同义 非同义1 1 1 TCT（Ser） TAT（Tyr） TGT（Cys）非同义 非同义 非同义1 1 1 CTT（Leu） ATT（Ile） GTT（Val）非同义 非同义 非同义1 1 1 总和 同义位点数 非同义位点数9 1/3 8/3 K为转换/颠换置换率比率 表2 密码子TTC（Phe）中的位点计数 目标密码子突变类型置换率（K=1） TTA（Leu） TTT（Phe） TTG（Leu）非同义 同义 非同义1 1 1 TCC（Ser） TAC（Tyr） TGC（Cys）非同义 非同义 非同义1 1 1 CTC（Leu） ATC（Ile） GTC（Val）非同义 非同义 非同义1 1 1 总和 同义位点数 非同义位点数9 1/3 8/3 K为转换/颠换置换率比率 表3 密码子CAC（His）中的位点计数 目标密码子突变类型置换率（K=1） CAT（His） CAA（Gln） CAG（Gln） 同义 非同义 非同义1 1 1 CCC（Pro） CTC（Leu） CGC（Arg）非同义 非同义 非同义1 1 1 TAC（Ile） AAC（Asn） GAC（Ser）非同义 非同义 非同义1 1 1 总和 同义位点数 非同义位点数9 1/3 8/3 表4 密码子CAA（Gln）中的位点计数 目标密码子突变类型置换率（K=1） CAT（His） CAC（His） CAG（Gln） 非同义 非同义 同义1 1 1 CCA（Pro） CTA（Leu） CGA（Arg）非同义 非同义 非同义1 1 1 TAA（Stop） AAA（Lys） GAA（Glu）终止密码子 非同义 非同义0 1 1 总和 同义位点数 非同义位点数8 1/3 21/8 （3）多重击中校正 现在，我们有 分别是同义和非同义位点上的差异比例，它们等同于针对核苷酸的JC69模型下的差异比例。因此，我们套用JC69中对多重击中的校正 附密码子表 Second Base First Base UCAGThird Base UPhe Phe Leu LeuSer Ser Ser SerTyr Tyr Stop StopCys Cys Stop or Cys TrpU C A G CLeu Leu Leu LeuPro Pro Pro ProHis His Gln GlnArg Arg Arg ArgU C A G AIle Ile Ile Met and FMetThr Thr Thr ThrAsn Asn Lys LysSer Ser Arg ArgU C A G GVal Val Val ValAla Ala Ala AlaAsp Asp Glu GluGly Gly Gly GlyU C A G