【正确答案】 D

【答案解析】解析：小规模纳税人扣缴增值税时通过“应交税费——代扣代交增值税”科目核算，选项A错误；增值税一般纳税人按简易计税方法计算预缴增值税时通过“应交税费——简易计税”科目核算，选项B错误；增值税一般纳税人进口货物取得海关专用缴款书注明的增值税应记入“应交税费——待认证进项税额”科目核算，选项C错误。