【正确答案】 C

【答案解析】 《立法法》第八十六条第一款第二项规定：地方性法规、规章之间不一致时，由有关机关依照下列规定的权限作出裁决：……(二)地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，由国务院提出意见，国务院认为应当适用地方性法规的，应当决定在该地方适用地方性法规的规定；认为应当适用部门规章的，应当提请全国人民代表大会常务委员会裁决；……据此，地方性法规与部门规章不一致的处理权属于国务院、全国人大常委会，故A项错误。地方性法规与部门规章之间对同一事项的规定不一致，不能确定如何适用时，不能不经审查直接决定适用，故B项错误。根据上述规定，应先由国务院提出意见，故C项正确。根据上述规定，国务院有权直接决定适用地方性法规的规定，但不能直接决定适用部门规章。若国务院认为应当适用《某市流动人口计划生育管理条例》的，应当直接决定，不需要提请全国人大常委会裁决，故D项错误。