【正确答案】 D

【答案解析】《民事诉讼法》第二十五条规定：“合同的双方当事人可以在书面合同中协议选择被告住所地、合同履行地、合同签订地、原告住所地、标的物所在地人民法院管辖，但不得违反本法对级别管辖和专属管辖的规定。”第三十四条第(一)项规定：“下列案件，由本条规定的人民法院专属管辖：(一)因不动产纠纷提起的诉讼，由不动产所在地人民法院管辖”，A选项中，双方当事人约定的事项涉及不动产，属于不动产所在地法院的专属管辖，协议管辖违背了专属管辖的规定，不符合法律规定。A选项不应选。B选项中，专利权的纠纷是由中级人民法院管辖的，当事人约定由基层人民法院管辖，违反了级别管辖的规定，不符合法律的规定。B选项不应选。D选项中，李某和秦某在合同中约定李某住所地法院为管辖法院，符合协议管辖的法律规定。D选项应选。《民诉意见》第二十四条规定：“合同的双方当事人选择管辖的协议不明确或者选择民事诉讼法第二十五条规定的人民法院中的两个以上人民法院管辖的，选择管辖的协议无效，依照民事诉讼法第二十四条的规定确定管辖。”C选项中，两公司约定了两个人民法院管辖，不符合法律的规定，协议管辖是无效的。C选项不应选。