【正确答案】 C

【答案解析】[解析] 当事人和解，是指在进入诉讼程序后，当事人双方通过自主协商，达成解决纠纷的协议，从而终结诉讼的程序。在我国，当事人的和解有广义与狭义之分，广义上的当事人和解包括审判程序中的和解与执行程序中的和解，而狭义的当事人和解仅指审判程序中的和解。
《最高人民法院关于人民法院民事调解工作若干问题的规定》第4条规定：“当事人在诉讼过程中自行达成和解协议的，人民法院可以根据当事人的申请依法确认和解协议制作调解书。双方当事人申请庭外和解的期间，不计入审限。”据此，A项正确
当事人和解一般情况下并非结案的一种方式，当事人双方自行达成和解协议后，通常都以原告撤诉的方式终结诉讼。本案中，甲公司与乙公司自愿达成了和解协议，因此，甲公司可以申请撤诉。B项正确。
当事人在诉讼过程中自行达成和解协议的，人民法院可以根据当事人的申请依法确认和解协议并制作调解书，以调解方式结案。因此，C项错误，D项正确。所以，本题应选C。