新古典主义以个体利益最大化、理性预期、市场出清、自然率假说为假设条件，得出了宏观政策的无效性、适应性预期错误论的观点。新凯恩斯主义是20世纪80年代末在凯恩斯主义理论基础上发展起来的，它以非市场出清假设为理论前提，同时增添了经济当事人最大化原则与理性预期假说，得出了经济可以处于非充分就业均衡、货币工资粘性和经济周期等观点。两者的主要分歧在于：
（1）在基本假设方面，新古典宏观经济学与新凯恩斯主义经济学最明显的分歧是，前者坚持市场出清假设，而后者则坚持非市场出清假设。新古典宏观经济学家认为，工资和价格具有充分的伸缩性，可以迅速调整，通过工资价格的不断调整，使供给量与需求量相等，市场连续地处于均衡之中，即被连续出清。总之，新古典宏观经济学把表示供给量和需求量相等的均衡看做为经常可以得到的情形。与此相反，新凯恩斯主义则认为，当经济出现需求扰动时，工资和价格不能迅速调整到使市场出清。缓慢的工资和价格调整使经济回到实际产量等于正常产量的状态需要一个很长的过程，例如需要几年的时间，而在这一过程中，经济处于供求不等的非均衡状态。
（2）在解释经济波动方面，新古典宏观经济学与新凯恩斯主义经济学的分歧是，前者试图用实际因素从供给扰动方面解释宏观经济波动，后者则用货币因素从需求方面解释宏观经济波动。
①在新古典宏观经济学看来，引起经济波动的实际因素很多，其中技术是一个重要的因素。在人口和劳动力固定的情况下，一个经济社会中所生产的实际收入便取决于技术和资本存量。
②新凯恩斯主义对宏观经济波动的解释较为复杂，其基本思路是：首先，新凯恩斯主义为了与非市场出清的假设相一致，建立了解释工资和价格粘性的各种理论，其中包括长期劳动合同论。其次，新凯恩斯主义导出了短期总供给曲线。最后，利用短期总供给曲线，新凯恩斯主义通过考察经济遭受总需求冲击后恢复到正常状态的过程，说明经济经历了一次波动（衰退或高涨状态）。
（3）在政策主张上，新凯恩斯主义认为，由于价格和工资的粘性，经济在遭受到总需求冲击之后，从一个非充分就业的均衡回复到充分就业均衡状态是一个缓慢的过程，因而刺激总需求是必要的。所以，为了避免较长时期的非充分就业持续出现，凯恩斯主义的需求政策仍然是有效力的。新古典主义宏观经济学中一个不变的主题是反对政府干预。早期的理性预期学派就曾断言，由于人们的合理预期，规则的政策对产量变动是无效的。因而，为了避免因政策的突然变动引起的经济波动，政府应按稳定的政策规则行事。