问答题 甲乡镇企业三年前依法取得集体所有土地的使用权，在批准使用的10亩土地上兴建了加工厂厂房。三年后，因生产需要，经与厂区所在地乙村村委会签订合同并缴纳购地款后，占厂区外闲置土地2.5亩建造仓库等附属设施。后因使用该块土地和设施与村民发生矛盾和争议，该加工厂以批准建厂文件、用地审批手续、土地使用权证和与乙村签订的合同为依据向土地行政主管部门要求调解。请分析本案中加工厂用地的合法性并说明如何处理。