辅酶与酶蛋白结合疏松，可以用透析或超滤方法除去，重要的辅酶有NAD^＋、NADP^＋和CoA等；辅基与酶蛋白结合紧密，不易用透析或超滤方法除去，重要的辅基有FAD、FMN、生物素等。现已知大多数维生素（特别是B族维生素）是许多酶的辅酶或辅基的成分。