【正确答案】 D

【答案解析】新的基因是由基因突变产生的，不是自然选择产生的，A错误；生物多样性包括基因多样性、物种多样性和生态系统多样性，生物多样性的形成不仅是新物种的形成，B错误；隔离是物种形成的必要条件，生物进化的实质是种群基因频率的改变，C错误；随着光合生物的出现，大气中有了氧气，为好氧生物的出现创造了条件，这一事实体现了共同进化，D正确；故选D。