胆道感染的致病菌包括G^-杆菌、G⁺球菌、厌氧菌。最常见的是需氧G^-杆菌，其中大肠埃希菌最多见、其次克雷伯杆菌属，还包括铜绿假单胞菌、不动杆菌。G⁺球菌包括肠球菌、金黄色葡萄球菌、链球菌，厌氧菌包括梭状杆菌、脆弱拟杆菌。