所谓设计缺陷，简言之就是在设计环节存在“疏漏”，有“没想到”的地方。所谓运行缺陷是指设计本身没问题，在执行过程中存在问题，也就是我们平时所说的“有法不依”。选项A、B、C都是制度自身设计存在不足；D选项则是有规定但没有忠实地去履行。因此，选项D为正确答案。

本题考查的是内部控制缺陷分类的简单应用。万变不离其宗，还是看制度自身有问题抑或执行有问题。