【正确答案】 D

【答案解析】 《著作权法》第17条规定，受委托创作的作品，著作权的归属由委托人和受托人通过合同约定。合同未作明确约定或者没有订立合同的，著作权属于受托人。《计算机软件保护条例》第11条规定，接受他人委托开发的软件，其著作权的归属由委托人与受托人签订书面合同约定；无书面合同或者合同未作明确约定的，其著作权由受托人享有。由此可知，该计算机软件作品的著作权人应当是委托作品的受托人乙公司，故A选项说法错误，不选。
   《计算机软件保护条例》第30条规定，软件的复制品持有人不知道也没有合理理由应当知道该软件是侵权复制品的，不承担赔偿责任；但是，应当停止使用、销毁该侵权复制品。如果停止使用并销毁该侵权复制品将给复制品使用人造成重大损失的，复制品使用人可以在向软件著作权人支付合理费用后继续使用。由此可知，对于善意的丙公司来说，在不知情的情况下，不承担赔偿责任。故C选项错误而D选项说法正确。
   《著作权民事纠纷案件解释》第28条规定，侵犯著作权的诉讼时效为2年，自著作权人知道或者应当知道侵权行为之日起计算。权利人超过2年起诉的，如果侵权行为在起诉时仍在持续，在该著作权保护期内，人民法院应当判决被告停止侵权行为；侵权损害赔偿数额应当自权利人向人民法院起诉之日起向前推算2年计算。由此可知，乙公司的软件作品的著作权仍然在保护期之内，侵权行为在起诉时仍在持续，所以乙公司仍然有权起诉。故B选项说法错误。