解析：该问题属于淹没孔口出流问题，流量公式为其中两孔完全相同则其流量系数及过流面积相同；由于作用水头取决于上下游液面高差，而不取决于淹没深度，所以两者的作用水头也相同。故两者的流量应相等。正确答案是：D。