本题考查档案的基本概念。

A项错误，卷也就是册的意思，是将档案分类装订成册，在档案术语中称为卷。

B项错误，件是档案分类管理中的最低一级，多件可以形成一卷档案。

C项错误，按年度进行档案整理便于检索。

D项正确，全宗是指一个独立机关、组织或个人在社会活动中形成的档案有机整体。全宗是组成国家全部档案的基本单位，全宗理论的确立对档案管理有重要的组织作用。

故正确答案为D。