【正确答案】 A、D

【答案解析】解析：细则第四十二条第三款，分案的申请不得改变原申请的类别。C错误。 指南1-1-5.1.1规定，分案申请除应当提交申请文件外，还应当提交原申请的申请文件副本以及原申请中与本分案申请有关的其他文件副本（如优先权文件副本）。原申请中已提交的各种证明材料，可以使用复印件。故D正确。指南1-1-5.1.2规定，分案申请的各种法定期限，例如提出实质审查请求的期限应当从原申请日起算。对于已经届满的各种期限，申请人可以自分案申请递交日起两个月内补办各种手续。由于已经超过了三年的期限，因此申请人可以自分案申请递交日起两个月内补办各种手续，即2006年9月5日之前提交实质审查请求书并缴纳实质审查费。故A正确。分案申请的保护期限与原申请相同（自原申请的申请日）。故B错误。