【正确答案】 D

【答案解析】 选项A说法错误。根据《行政复议法实施条例》第23条的规定，申请人对两个以上国务院部门共同作出的具体行政行为不服的，依照《行政复议法》第14条的规定，可以向其中任何一个国务院部门提出行政复议申请，由作出具体行政行为的国务院部门共同作出行政复议决定。该企业可以选择向商务部或国家发改委的任何一个机关申请复议，但不得向国务院申请复议。
   选项B说法错误。根据《行政复议法实施条例》第23条的规定，申请人对两个以上国务院部门共同作出的具体行政行为不服的，依照《行政复议法》第14条的规定，可以向其中任何一个国务院部门提出行政复议申请，由作出具体行政行为的国务院部门共同作出行政复议决定。该企业可以选择向商务部或国家发改委的任何一个机关申请复议，但不得向全国人大申请复议。
   选项C说法错误。根据《行政复议法实施条例》第23条的规定，申请人对两个以上国务院部门共同作出的具体行政行为不服的，依照《行政复议法》第14条的规定，可以向其中任何一个国务院部门提出行政复议申请，由作出具体行政行为的国务院部门共同作出行政复议决定。该企业可以选择向商务部或国家发改委的任何一个机关申请复议，但不得向全国人大常委会申请复议。
   选项D说法正确。根据《行政复议法实施条例》第23条的规定，申请人对两个以上国务院部门共同作出的具体行政行为不服的，依照《行政复议法》第14条的规定，可以向其中任何一个国务院部门提出行政复议申请，由作出具体行政行为的国务院部门共同作出行政复议决定。该企业可以选择向商务部或国家发改委的任何一个机关申请复议。