【正确答案】 A、B、D

【答案解析】 《执行行诉法解释》第15条规定，联营企业、中外合资或者合作企业的联营、合资、合作各方，认为联营、合资、合作企业权益或者自己一方合法权益受具体行政行为侵害的，均可以自己的名义提起诉讼。甲作为联营一方有权以自己名义提起诉讼，A项正确。根据《行政诉讼法》第46条的规定，公民、法人或者其他组织直接向人民法院提起诉讼的，应当自知道或者应当知道作出行政行为之日起6个月内提出。法律另有规定的除外。因不动产提起诉讼的案件自行政行为作出之日起超过20年，其他案件自行政行为作出之日起超过5年提起诉讼的，人民法院不予受理。本案中甲公司不知道行政行为内容，起诉期限应当从知道行政行为之日起即2008年3月3日起开始计算，B项正确。行政诉讼以行政行为的合法性为审查对象，本案为行政案件，民事合同的合法性不在行政诉讼的审查之列，不属于本案审理对象，C项错误，审理对象应是行政机关变更土地登记行为的合法性。《行诉证据规定》第22条规定，根据行政诉讼法第34条第2款的规定，有下列情形之一的，人民法院有权向有关行政机关以及其他组织、公民调取证据：(1)涉及国家利益、公共利益或者他人合法权益的事实认定的；……本案中派出机构与国土局的关系涉及国家利益、公共利益，法院有权依法调取二者关系证据，D项说法正确。