（1）缺乏独立性和自主活动能力。政府与第三部门关系极其模糊，第三部门往往是政府行政权力的衍生物，缺乏本应有的独立性和自主活动能力。这主要表现在中国第三部门由政府机构领导，其行为方式、工作作风都具有很强的行政性质，有的成员还具有国家公务员身份。解决政府与第三部门之间的混乱关系存在一个复杂的过程，这将限制中国第三部门的变革速度。
（2）缺乏资金、人才等组织发展的基本条件。在现今中国第三部门组织中，无论是官办的、半官办的还是纯民间的，绝大部分都反映经费不足。资金匮乏已经成为制约中国第三部门发展的头号因素。而人才不足是因为中国尚缺乏专门的第三部门专业人才培训机制，而且第三部门吸纳了大量政府淘汰的冗员和离退休人员，妨碍了优秀人才进入。
（3）法律法规不健全。尽管当前中国政府试图规范非营利组织形式，并为之提供正常运作的法制环境，但是这些新条例授权政府对非营利组织进行控制的一些方式，并不完全符合世界银行的《非政府组织法律的好经验》的手册中提出的真正有利于非营利组织发展的法制环境的标准。
（4）缺乏对第三部门权威、常规性的监督机制。由于政府与第三部门的关系模糊，而且相关的法律、法规不健全，中国第三部门在实际运作中不会受到强有力的监督，如此造成的后果就是给各种违章操作制造了很大的活动空间，增加了社会的交易成本。
（5）公众对第三部门的认同度不高。对于官办性质浓厚的第三部门组织，中国公众往往将其作为第二政府对待，而对于实力弱小的草根组织，公众往往对其能力持怀疑态度，从而忽视了它们的存在或坚持对它们进行谨慎的评价。此外，在这个集权化明显的社会中，公众尚不能真正体会到第三部门的存在和发展对他们的生活将产生何种影响。