【正确答案】 B、C、D

【答案解析】解析：根据国税发[2009]91号文第十七条：“清算审核时，应审核房地产开发项目是否以国家有关部门审批、备案的项目为单位进行清算；对于分期开发的项目，是否以分期项目为单位清算；对不同类型房地产是否分别计算增值额、增值率，缴纳土地增值税”。所以选项BCD正确，选项A不正确。房地产开发企业逾期开发缴纳的土地闲置费不得扣除，所以选项E不正确。