形而上学唯物主义物质观将物质归结为原子，它的缺陷主要表现在以下几个方面：机械性、形而上学性、不彻底性。选项AB是从将物质归结为原子这个方面来说的；选项C是从形而上学来说的；选项E是从不彻底性来说的；选项D错误，形而上学企图以力学的原理解释一切，有一定科学性，并非是自发的猜测。因此，选项ABCE正确。