【正确答案】使用参照序列进行全基因组多序列比对的特点是将每一个序列与参照序列进行局部配对比对，参照序列中的一个碱基比对另一个序列中的至多一个碱基。当被比对序列与参照序列种系关系较近且复杂度低于参照序列时，这些序列可与参照序列产生优化的多序列比对。