结构推理 请分别简述AFLP、SSR、SNP和In/Del标记的基本原理及其特点。
【正确答案】AFLP称为扩增片段长度多态性(amplified fragment length polymorphism,AFLP)。AFLP标记的基本原理是:利用酶切频率较高和酶切频率较低的限制性酶对基因组DNA进行双酶切:再根据酶切片段的两个末端分别接上含有与限制性内切酶的黏性末端互补的人工接头,该人工接头为限制性酶切的黏性末端加上15~18bp的寡聚核苷酸片段;合成由人工接头的互补序列、临近的内切酶特异识别位点和末端添加1~3个选择性碱基组成的引物;对基因组进行PCR扩增,获得特异性的基因组扩增片段。AFLP技术实质上是结合了RFLP稳定性和PCR技术高效性的优点,它继承了RFLP的可靠性和RAPD的方便敏捷,不需要预先知道DNA序列的信息,因而可以用于没有任何分子生物学研究基础的物种开展研究。
   SSR称为简单重复序列(simple sequence repeats)。SSR标记是利用基因组中大量的含有2~6个核苷酸碱基长度的重复序列,由于重复数目以及重复区段内核苷酸序列的变异而产生的多态性。SSR标记的特点表现为:数量多,共显性标记和兼具PCR技术的特点。
   SNP即单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism)指基因组内DNA中某一特定核苷酸位置上存在转换、颠换、插入、缺失等变化。SNP标记是指不同个体基因组DNA序列之间单个核苷酸的差异。SNP作为遗传标记的优越性表现在:位点丰富,数量多,分布广泛;具有较高的遗传稳定性;易于基因分型;SNP适于快速、高通量检出和易于自动化的筛选或检测技术。
   插入缺失(In/Del)标记是指通过比较基因组学发现不同基因组中缺失或者插入DNA片段。表现出的多态性。In/DeI标记的设计主要是在插入/缺失片段的两侧设计PCR引物,然后,通过扩增两特定引物之间的片段。从而由于插入/缺失片段在不同个体之间产生多态性。InDel标记与SSR标记具有一样的特点,且InDel标记中PCR扩增表现更加稳定。
【答案解析】